Автор более 200 научных и учебных трудов по детской и подростковой психиатрии и общей психопатологии.
В 1996 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности «психиатрия» на тему «Клинико-семантический анализ деперсонализации» (научный руководитель — профессор Б.Е. Микиртумов).
В 2005 году защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора медицинских наук по специальности «психиатрия» на тему «Психотические расстройства у детей: эпидемиологические, клинические и социально-организационные аспекты» (научный консультант — профессор Н.Г. Незнанов).
Область основных научно-практических интересов: общая психопатология, психозы у детей, шизоформные расстройства и детский аутизм, реабилитация детей с психическими заболеваниями, органические психические расстройства у детей и подростков.
Автор монографий:
- Макаров И.В., Пашковский В.Э. Детская шизофрения: руководство для врачей. — М.: ГЭОТАР-Медиа, 2021. — 176 с.
- Психиатрия детского возраста. Руководство для врачей / Под общ. ред. И.В. Макарова. — СПб.: Наука и Техника, 2019. — 992 с. (сайт издательства — www.nit.com.ru).
- Клиническая психиатрия детского и подросткового возраста (2013).
- Лекции по детской психиатрии (2007).
- Психозы у детей (2004).
— Составитель книги «С.С. Мнухин. Хрестоматия по психиатрии детского возраста» (2008).
— Составитель и редактор сборника «Детская психиатрия: история, проблемы, перспективы. Сб. науч. трудов, посвящённый 90-летию отделения детской психиатрии НИПНИ им. В.М. Бехтерева» (2009).
Соавтор изданий:
- Психиатрия. Национальное руководство (2009, 2011, 2014).
- Психиатрия. Национальное руководство. 2-е издание (2018).
- Психиатрия. Национальное руководство. Краткое издание (2012, 2013, 2015, 2017).
- Психиатрия. Клинические рекомендации (2009).
- Учебник «Детская психиатрия» (2005).
- Монографии «Организационная эволюция системы психиатрической помощи» (2005, 2006).
- Монография «Эпилепсия» (2010).
- Психофармакотерапия в детской психиатрии: руководство для врачей (2017, 2018, 2020).
- Клиническая психотерапия (инстинктивно-поведенческие и нейропсихологические модели) (2018).
- Монография «Инновационные подходы к диагностике и лечению психических расстройств» (2018).
- Аутизм: мифы, диагностика, коррекция (2020).